2009年1月19日出刊的台灣《壹週刊》第400期的〈封面故事〉報導，最高法院檢察署特別偵查組（特偵組）清查陳水扁任職中華民國總統期間的機密外交弊案時發現，2002年至2005年，吳明基擔任台灣人公共事務會（FAPA）會長期間，曾簽字領走鉅額機密外交經費；其中80萬美元（當時約合新台幣2678萬元）經由當時FAPA執行長陳文彥從美國匯入其弟在台灣經營的一家貿易公司，再輾轉付給《自由時報》，作為當時行政院新聞局在《自由時報》刊登「以台灣名義加入聯合國全國性公民投票案」（入聯公投）廣告的費用。該文文末也刊載了《自由時報》的回應：「截至目前為止，沒有任何人或任何單位，就FAPA刊登入聯公投的廣告問題，詢問過報社相關人員。此外，因目前廣告環境，『收得到錢』相當重要；就經營的立場來說，只要是來自合法公司行號，報社不會去質疑經費來源。」
2009年1月19日，吳明基透過媒體宣稱，他從未領取機密外交經費。同日，《自由時報》發表聲明：「有關第400期《壹週刊》封面故事，惡意中傷毁謗《自由時報》。本報將對《壹週刊》以及引用散播相關文字者，一併提出告訴。」同日，台灣《壹週刊》總編輯裴偉回應，《壹週刊》報導內容均有根據。同日，最高法院檢察署特別偵查組（特偵組）發言人陳雲南說：「沒聽說，不清楚有無此事。」
資料來源[]
- 台灣《壹週刊》第400期（2009年1月19日出刊）〈封面故事〉：〈扁遭追訴無期徒刑 自由時報陷外交洗錢醜聞〉
- 《自由時報》聲明稿，〈自由時報聲明啟事〉，《自由電子報》，2009年1月19日
- 蘇恩民、張勵德 報導，〈2678萬機密費疑流入《自由》〉，台灣《蘋果日報》，2009年1月20日〈扁家洗錢風暴〉